O Plenário é composto por 24 membros/instituições titulares com direito a voto, para cada membro/instituição titular há um suplente (subsititutos), representantes dos seguintes segmentos:
I – usuários de água com atuação na área do Comitê: 2 representantes de Serviços de Abastecimento, Saneamento e Lançamento de Efluentes, 2 representantes de Indústria e Mineração, 2 representantes de Turismo e Lazer, 1 representante de Geração de Energia e 1 representante de Agricultura, Aquicultura e Pesca.
II – sociedade civil organizada na bacia, com atuação relacionada com recursos hídricos e de meio ambiente na área de atuação do CBH-BIG: 2 representantes de Instituições de Ensino Superior, 4 representantes de Associações ou Federações de Moradores e Entidades Ambientalistas ou de Recursos Hídricos e 2 representantes de Associações técnicas-científicas ou Entidade de Classe.
III – órgãos públicos municipais, federais e estaduais atuantes na região relacionados com os recursos hídricos, ao gerenciamento costeiro e meio ambiente: 4 representantes do Executivo do Governo Municipal, 2 representantes do Executivo do Governo Estadual e 2 do Executivo do Governo Federal.
O Plenário tem como Competências fundamentais: propor e aprovar a criação de Câmaras Técnicas e Grupos de Trabalho, aprovar o Plano de Recursos Hídricos da Baia da Ilha Grande (PRH-BIG), propor assuntos relevantes para o debate dos participantes, determiando encaminhamento de ações que resultem em melhoria da qualidade das águas e garantia de sua quantidade. Aprovar programas anuais e plurianuais de investimentos na bacia, de interesse da gestão das águas, com base nas ações priorizadas no Plano de Recursos Hídricos da Baia da Ilha Grande (PRH-BIG).
Aprovar o valor a ser cobrado pelo uso da água na bacia, aprovar o plano de aplicação dos recursos financeiros arrecadados com a cobrança pelo uso das águas na Baia da Ilha Grande, entre outras.
O CBH-BIG tem uma Diretoria Colegiada, composta por 06 (seis) representantes, sendo 02 (dois) representantes dos usuários dos recursos hídricos, 02 (dois) representantes da sociedade civil organizada e 02 (dois) representantes dos órgãos de governo.
Dirigir os trabalhos do CBH-BIG, convocar e presidir as sessões do Plenário, validar e fazer cumprir as decisões do Plenário, fazer cumprir todo o Regimento Interno, determinar o cumprimento das deliberações do Plenário, autorizar despesas, sendo aprovadas pela Diretoria Colegiada, assinar contratos, convênios, acordos ou ajustes desde que sejam aprovados pelo Plenário, propor ao Plenário, obedecidas às exigências da legislação estadual, a criação da respectiva Agência de Água ou a contratação/substituição de Entidade Delegatária, entre outras.
Coordenar as atividades da Secretaria Executiva, submeter ao Diretor Geral as pautas das reuniões, secretariar as reuniões do CBH-BIG e dar suporte às suas Câmaras Técnicas, apresentar ao Plenário os programas anuais de trabalho de Secretaria Executiva com os seus respectivos orçamentos, entre outras.
Prestar assessoramento técnico-administrativo, direto e imediato ao Comitê e à Diretoria Colegiada, elaborar em conjunto com a Diretoria Colegiada, o programa de trabalho do Comitê, organizar administrativamente a documentação das atividades e dar suporte as reuniões das plenárias, da diretoria, das Câmaras Técnicas e dos Grupos de Trabalho, dar publicidade aos atos do Comitê, as manifestações aprovadas pelo Plenário ou Diretoria Colegiada, elaborar as atas das reuniões e enviá-las aos membros.
As Câmaras Técnicas deverão ser permanentes e os Grupos de Trabalho temporários. As Câmeras Técnicas são constituídas por representantes do Plenário, titulares ou suplentes do Comitê ou ainda por profissionais convidados.
Para determinados assuntos, elaborar pareceres e preparar procedimentos para subsidiar à tomada de decisão do Comitê. Elaborar e encaminhar ao Plenário, propostas de normas para recursos hídricos na área de atuação do CBH-BIG.
Poderão ser criados para estudo e discussão de temática específica, com atribuições, composição e regras de funcionamento estabelecidas no respectivo ato de criação.